全自動菌落計數系統數法被廣泛應用于生物制品檢驗、食品以及飲料和水等的含菌指數或污染程度的檢測。這種方法主要是將待測樣品經適當稀釋之后，其中的微生物充分分散成單個細胞，取一定量的稀釋樣液接種到平板上，經過培養，由每個單細胞生長繁殖而形成肉眼可見的菌落，即一個單菌落應代表原樣品中的一個單細胞。這種方法的優勢在于可以獲得活菌的信息。
全自動菌落計數系統數系統數器通常用于標本中細菌數的檢測，采用節能環形熒光燈側射照明，菌落對比清楚。按照細菌計數檢驗規程規定，儀器顯示器設計為三位數，當一只培養皿中菌落生長數超過300個時，應將檢驗樣品稀釋重作，以保證計數的準確性。
全自動菌落計數系統的使用方法：
（1）接通電源，撥動開關計數池內燈亮，顯示屏顯示“001”，將探筆插頭插入儀器的插孔內，按下“復位”鍵調零使儀器進入工作狀態。
（2）放入待檢培養皿。
（3）用探筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。每點一個應聽到“嘟”聲才說明有效，否則應重點。此時，點到的菌落被標上顏色，顯示數字自動累加。
（4）用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。
（5）顯示屏內的數字即為該培養皿的菌落數。
（6）記錄數字后取出培養皿。按“復位”鍵，顯示屏進入初始狀態。
全自動菌落計數系統的注意事項：
儀器應放置在平整牢固的臺面上使用。
點數菌落時，探筆不要過于傾斜，輕輕點下至有彈跳感時，數字即被輸入。
全自動菌落計數系統應防潮、防劇烈震動、防直接日光曝曬、防酸堿侵蝕，用后應加防塵罩。
注意防止細菌培養物污染計數池。
儀器及探筆均不能隨意拆卸
